호소의 표면에 녹조가 덮히면 수중으로 햇빛이 차단되고 용존산소가 추가로 유입되지 않으면서 물의 용존산소량이 줄어들게 된다. 이렇게 되면 물고기와 수중생물이 죽고 악취가 나며, 그 수역의 생태계가 파괴되어 사회적·경제적·환경적 측면에서 많은 문제가 생긴다. 가장 심각한 문제는 유독 조류가 생산하는 독소이다. 1878년 호주에서 처음으로 녹조로 인해 동물이 폐사한 사건이 보고되었다. 이후 미국·캐나다·영국·일본 등 세계 각지에서 조류 독소 때문에 가축이나 야생동물의 피해가 발생한 적이 있다. 예방을 위해서 영양염류를 제거해야 한다.

무더위가 한창이던 8월 중순에 한강을 떠다니는 유해 남조류가 수일 만에 100배까지 불어났던 것으로 확인됐다. 한강의 유해 남조류는 부쩍 늘었다. 서울시 자료에 따르면 2012년 8월 성산대교 부근에서 검출된 월평균 유해 남조류 세포 수는 ml당 247개였는데 같은 위치에서 측정한 이달의 월 평균치는 5878개로 증가했다. 서울시는 폭염으로 확산되는 녹조 피해의 사전 대응 차원에서 녹조제거선 2척을 한강에 시범 투입한다.