1980년에 도입된 우등형 전기 동차 운행 개시에 맞추어 새마을호와 특급의 중간 등급으로 우등을 신설한 것을 시작으로 하며, 1984년 1월 1일 무궁화호로 개칭했다. 2004년 KTX가 개통되고 통일호가 폐지됨에 따라 무궁화호가 이 자리를 메우게 되었다. 하지만 모든 열차가 각 역에 정차하진 않으며, 주요 노선에서는 열차마다 정차역을 달리하는 선택정차를 하여 소요 시간은 떨어뜨리지 않으면서 최대한 많은 역에 정차하도록 한다. 일반적으로 장거리를 운행하는 열차의 경우 급행열차로, 주요역 정차/단거리를 운행하는 열차가 모든 역을 정차하는 완행열차로 편성되고 있다. 또한 무궁화호는 새마을호를 보완하는 역할도 한다. 무궁화호는 KTX가 운행하기 전에는 전국을 연결하는 가장 대중적인 열차이기도 하였고, KTX의 등장 이후 이러한 기능 일부는 새마을호로 대체되었다. 무궁화호는 KTX나 새마을호가 정차하지 않는 역에도 정차하는 것이 일반적으로, KTX나 새마을호가 운행하지 않는 지역에서는 급행과 완행열차의 기능을 모두 가지기도 한다.

4월 22일 전남 여수에서 27명이 탑승한 무궁화호가 탈선, 기관사와 승객 등 9명이 숨지거나 다쳤다. 기관사가 관제 지시를 무시하고 과속으로 달린 것이 사고 원인인 것으로 드러나 우리 사회의 안전 불감증 문제가 또 다시 도마에 올랐다. 이날 오전 3시 40분쯤 전남 여수시 율촌면 월산리 율촌역 부근에서 무궁화호 열차가 탈선해 기관사 양모씨가 숨지고 부기관사 정모씨와 승객 등 8명이 부상했다. 경찰은 사고 열차가 곡선 구간인 선로 변경 지점에서 시속 35㎞ 이하로 운행해야 하는 데도 규정을 어기고 시속 127㎞로 과속한 것으로 파악했다. 이전 구간에서 감속운행을 하는 바람에 인근 순천역 출발이 평소보다 6분가량 늦은 상황이었다. 이 열차는 애초 21일 밤 10시45분 출발해 이날 새벽 3시52분 도착할 예정이었다. 경찰은 사고 열차 부기관사와 관제사한테 이런 진술을 확보했다. 코레일 쪽은 “항공철도사고조사위원회가 블랙박스와 무선기록을 확인해 정확한 사고 원인을 찾을 것”이라고 밝혔다.