부장검사가 결재만 하던 관행에서 벗어나 수사 전반에 참여하며 책임지도록 하는 제도이다. 이 제도는 종전에 특수부 사건을 중심으로 시행되었으나 공안부, 형사부, 강력부 사건까지 확대된다. 아직 구체적인 안이 나오지 않았지만 선거사건 중 당선자나, 현역 국회의원이 관련됐거나 다수 검사가 투입돼야 할 주요 사건, 조직폭력배 사건 등도 포함된다고 하니 종전보다 대상 범위가 상당히 확대될 전망이다.

그 동안 서울중앙지방검찰청 공안부, 특별수사부, 강력부 등 검찰 인지부서에서 부장검사가 주임검사가 돼 수사한 중요사건에 대한 구속영장 기각률이 대폭 감소하는 등 그 효과가 확인돼 올해 3월 9일부터 부장검사 주임검사제가 전국적으로 확대 시행되고 있다.