실크로드를 통해 10세기 이슬람이 전해졌고 중국 관내와 다른 문화로 분쟁이 잦았다. 1949년 중국에 완전히 점령돼 1955년 자치구가 됐다. 여전히 중국으로부터 독립하기 위한 운동이 활발해 중국은 신장 위구르 지역에 군대를 주둔시키고 삼엄하게 감시하고 있다.

국제 인권단체 휴먼라이츠워치는 2020년 12월 9일(현지시간) 낸 보고서에서 중국이 빅데이터 프로그램을 활용해 위구르족을 사찰하고, 중국 당국이 문제가 있다고 판단한 위구르족을 재교육 수용소에 보낸다고 폭로했다. 중국 위구르족의 인권 침해 문제는 EU와의 포괄적투자협정 타결 등 중국 외교 문제의 걸림돌이 되고 있다.