재건축 종료시점(준공인가) 집값에서 개시시점(추진위원회 설립 승인) 집값과 정상주택가격 상승분, 개발비용을 뺀 금액이 1인당 3000만 원을 넘을 경우 초과금액 구간별로 10~50% 누진 과세하는 제도이다. 재건축 초과이익환수제는 토지로부터 발생되는 개발이익을 환수하여 이를 적정하게 배분함으로써 토지에 대한 투기를 방지하고 토지의 효율적인 이용을 목적으로 시행되는 제도이다.

분양가상한제와 재건축 초과이익환수제에 대한 국토부 입장이 다르다는 지적이 나온다. 국토부는 관리처분계획안에서 정한 일반분양가는 미래의 미확정 기대수익에 불과하므로 분양가상한제를 적용해도 사유재산 침해가 아니라고 강조한다. 반면 초과이익환수제에선 아직 실현되지 않은 미래의 기대수익에 미리 세금을 책정한다. 주택업계 관계자는 “정부가 편의에 따라 서로 다른 잣대를 적용하고 있다”고 주장했다.