성 정체성은 태어날 때 결정된 성과 일치하지 않는 경우도 있다. 성별 정체성, 성 동일성, 성 주체성이라고도 부른다. 성 정체성 형성에 미치는 생물학적 영향은 분명히 밝혀지지 않고 있지만, 호르몬 작용에 의한 태아의 뇌 발달과 관련이 있는 것으로 보인다. 심리적으로, 성 정체성의 형성은 분리-개별화 과정의 일부를 이루며, 대상 항상성의 확립과 함께 공고해지는 것으로 알려져 있다. 성 정체성은 성 차이에 대한 내재화, 자신의 성과의 동일시 그리고 두 성이 협력하여 재생산 기능을 갖는다는 사실에 대한 인식을 포함한다.

FTM(Female To Male·지정성별 여성이지만 남성정체성을 지님) 트랜스젠더 청소년 성소수자 ㄱ씨(16)는 커밍아웃(성정체성을 주위 사람에게 알리는 행위) 이후 충격적인 경험을 했다. 용기를 내서 고백했지만 커밍아웃 이후 부모님은 ‘귀신이 씌여서 그런 것’이라며 그에게 전환치료를 강요했다. ㄱ씨가 자고 있을 때 “우리 딸 몸에서 당장 나가”라며 ‘귀신’을 쫓아내려고 했다. 청소년 성소수자들은 ‘청소년’과 ‘성소수자’라는 이중고에 시달린다. 청소년이기 때문에 경제적 독립이 힘들고 발언권을 존중받기도 힘들다. 조언자 역할을 해야 할 부모, 교사가 외려 직접적인 혐오 발화·행위자가 되는 경우가 많다.