연세대학교 국어국문학과를 수석으로 입학·졸업하고, 동 대학원에서 윤동주 시인 논문으로 박사 학위를 취득했다. 홍익대학교 국어교육학과 교수를 거쳐 연세대학교 국어국문학과 교수를 지내며, 한국 문학의 지나친 교훈성과 위선을 적나라하게 비판하고 풍자하였다. 1991년 출판한 <즐거운 사라>의 외설 논란으로 1992년 강의 도중 구속되고, 1995년 대법원에서 징역 6월에 집행유예 2년이 확정되어 연세대학교 교수직에서 해직됐다가 1998년 특별사면을 받았다. 2007년 연세대학교 국어국문학전공 정교수로 복직하였고, 2016년 정년퇴임하였다. 2017년 등단 40년을 맞아 시선집 <마광수 시선>을 펴냈다.

<나는 야한 여자가 좋다> <즐거운 사라> 등 성 해방을 주창한 작품들을 발표하며 표현의 자유 논란의 최전선에 섰던 마광수 전 연세대 교수(국문학)가 9월 5일 숨졌다. 향년 66. 서울 용산경찰서는 “마 전 교수가 5일 오후 1시35분께 자택인 서울 동부이촌동의 한 아파트에서 숨진 채 발견됐다”고 이날 밝혔다. 경찰은 “마씨가 지난해 8월 연세대 퇴직 뒤 우울증 증세를 보여 지속적으로 약물을 복용해왔다. 이복누나가 절에 가 자리를 비운 사이 스스로 목숨을 끊은 것으로 보인다”고 밝혔다. 경찰은 며칠 전 마 전 교수가 쓴 것으로 보이는 종이 유서도 발견한 것으로 알려졌다.