전국의 검사는 검찰권을 행사함에 있어 검찰총장을 정점으로 하여 상명하복(上命下服)의 관계에서 일체불가분의 유기적 조직체로 활동하는데 이를 '검사동일체의 원칙'이라 한다. '검사동일체의 원칙'에 따르면 검사는 검찰권의 권한을 가진 '단독 관청'이지만 검찰총장을 정점으로 하여 각급 검찰청 검사장 및 지청장의 지휘감독권에 의하여 계층적으로 결합된 피라미드형의 구조를 형성하고 있다.

'검사동일체의 원칙'은 국민의 기본권을 다루는 검사는 누구나 통일된 잣대를 적용해야 한다는 정당성에서 출발했다. 그러나 이 원칙은 당초 뜻과는 달리 왜곡된 측면이 많다. 상명하복과 철저한 위계질서는 각종 정치사건 수사때 편파·왜곡수사 시비를 낳았고, 그 근간에는 상부의 명령을 곧 법으로 여긴 검사 동일체 원칙이 자리잡았다. 노무현 정부 출범 이후 검찰개혁과 관련, 태풍이 몰아칠 때 검사 동일체 원칙 폐지문제가 1차 과제로 등장한 것도 이 때문이다. 2014년 1월 검찰청법이 개정되면서 검찰조직 문화의 상징으로 여겨지던 ‘검사동일체의 원칙’은 삭제됐다.