2018년 제주공항의 수용여객 능력 등이 한계상황에 이른다는 전제 아래 계획되었으나 자연 훼손, 주민의 생활터전 몰수라는 현실적 문제에 부딪쳐 논란이 이어지고 있다. 한편 공군기지 창설 계획이 사실로 전해지자 제주특별자치도는 '제2공항은 순수 민간공항이어야 하며 군 공항시설로 이용되거나 포함되는 것을 원천적으로 반대'한다고 밝혔다.

제주 서귀포시 성산읍 지역주민들과 시민사회단체들이 문재인 대통령에게 제주 제2공항 건설계획 ‘전면 재검토’를 촉구했다. 문 대통령은 후보 시절 제2공항 건설과 관련해 “제주 제2공항은 사업추진의 절차적 투명성을 확보하고 공항이 들어설 지역주민과의 상생방안 마련을 전제로 조기에 문을 열 수 있도록 뒷받침하겠다”며 ‘지역주민과의 협의’를 전제로 조기 개항을 약속한 바 있다.