이명박 전 대통령이 2007년 대선에서 'BBK 의혹' 등이 터지자 맞불 성격으로 전 재산의 사회 환원을 약속해 임기 중인 2009년 9월 설립된 장학∙복지사업 공익법인이다. 이 전 대통령의 호인 청계(淸溪)를 따 이름을 지었다. 청계재단은 이명박 전 대통령이 395억 원 상당의 사재(서울 양재동 영일빌딩, 서초동 영포∙대명주빌딩)을 털어 만들었지만, '쥐꼬리' 장학사업으로 비판을 받아왔다. 여기에다 청계재단이 이명박 전 대통령의 은행 빚 30억 원까지 떠안고 있다가 빌딩을 담보로 은행에서 50억 원을 빌려 이를 대신 갚고, 해마다 은행 이자를 내왔다는 사실이 알려지면서 더욱 논란이 일었다. 결국 2015년 서울시교육청은 설립 허가 당시 이행 조건을 이유로 채무 상환을 압박해 청계재단은 2016년 초 영일빌딩을 팔아 채무를 갚기에 이르렀다.

이명박 전 대통령의 청계재단이 장학사업을 접고 복지 목적의 공익법인으로 변경하려고 했다가 정부로부터 사실상 '퇴짜'를 맞았다. 해마다 장학금 지급액이 줄어 비판을 받아온 청계재단이 돌연 복지사업만을 하겠다고 나선 배경을 놓고 의구심이 일고 있다. MB는 청계재단의 설립자로서 서울시교육감에게 제출한 의견서에서 "경제적 이유로 고교 졸업장을 못 받는 일은 절대 없어야 한다는 투철한 사명감으로 재단을 설립했으나, 의무교육의 확대로 재단의 사업이 상당 부분 국가 정책으로 달성될 것으로 예상한다"며 목적사업 변경 취지를 설명했다.