여객선 공영제는 공익적 관점에서 운영하는 '버스 공영제'를 여객선에도 도입하자는 것으로 여객선 노선을 사기업이 독점하지 못하게 공공이 관리·운영토록 하는 제도다. 캐나다나 일본 등 일부 선진국에서는 연안여객에 대한 공영제를 도입·운영 중이다. 캐나다의 경우 취약 항로에 공기업 형태의 선사를 직접 운영하거나 연방 정부 소유의 선박 및 터미널을 민간 운항업체에 위탁해 운영하며, 유지보수에 대한 재정을 지원하는 등 다양한 방식의 공영제 혹은 준공영제를 지역별로 시행하고 있다. 일본도 여객터미널의 관리 및 낙도 보조항로의 구조개편 및 활성화, 도서민 운임할인 제도 등 많은 부분에서 지자체의 참여가 활발히 이뤄지고 있다. 

세월호 참사 이후 정부가 각종 해양 안전대책을 쏟아냈지만 2년이 지나도록 사고 위험 요인이 해소되지 않고 있다는 지적이 나왔다. 4월 19일 국회입법조사처가 내놓은 ‘연안여객선 안전관리법제의 현황 및 정책과제’를 보면 공영제 도입, 선령 기준, 감독·관리 등 선박 안전관리 면에서 허점이 여전했다. 세월호 참사 후 해양수산부가 검토하겠다고 밝힌 여객선 공영제는 기획재정부와의 협의가 이뤄지지 않아 무산됐다. 내항 여객운송사업자는 사업 규모가 영세하고 수익성이 낮아 안전에 투자할 여력이 없고, 정부가 결손금액을 보조하는 ‘보조항로’는 사업자가 서비스 질을 끌어올릴 동기가 부족한 것으로 지적됐다. 입법조사처는 “단 한 번의 사고로 대형 인명피해를 일으킬 수 있는 여객선의 특성상 정부가 적극 관여할 필요가 있다”며 “보조항로만이라도 공영제를 실시한 뒤 점진적 확대를 검토할 수 있을 것”이라고 밝혔다.