배가 출항하기 전 과적 여부를 점검하는 등 여객선의 안전 관리 실태를 점검하는 사람. 200여개 연안여객선 업체의 대표 단체인 한국해운조합이 항해사 자격증을 가진 사람들 중 채용한다. 해양수산부는 감독을 하지 않고 있다. 운항관리사들의 평균 연봉 4300만원 중 78%는 여객선 운임의 일부(운임의 3.2%)로 충당하고 나머지 22%는 국고보조금으로 지급한다.

이번 세월호 참사는 운항관리사가 자신의 역할을 제대로만 했어도 피할 수 있었다는 비판이 제기되고 있다. 운항관리사가 해야할 직무 13가지는 해운법 시행규칙(전체 15조8)에 나와있는데 세월호를 담당하는 운항관리사 A(32)씨는 그 중 7가지를 준수하지 않았다. 출항 전 선장이 제출하는 점검 보고서를 확인(3조)하지 않았고 선장 이씨가 컨테이너 개수를 미기재하고 차량도 운항관리 규정은 148대 보다 많은 180대를 실었지만 A씨는 무사 통과(적재 한도 초과여부 확인(6조))시켰다. 비상 훈련 실시 여부 확인(10조)과 구명 기구 완비 여부 확인(11조) 의무도 지키지 않았다. 반면 해운조합에서는 "(A씨가) 꼼꼼하게 점검했으며 출항당시 문제가 없었다"며 A씨를 감싸고 있다.