컴퓨터 시스템에 주가와 수량·시간·시장상황 등을 입력하면 자동으로 매매주문을 내는 거래. 속도를 높이기 위해 직접주문전용선인 디엠에이(DMA)를 통해 이뤄진다. 인력의 관여가 없어 시장 변화에 원칙적으로 대응할 수 있고 비용 절감이 가능하다. 또 기관투자가의 매수와 매도 포지션과 같은 정보유출을 방지할 수 있다. 그러나 알고리즘 매매로 반복된 자동주문이 한 방향에 몰릴 경우 빠른 속도로 시장이 붕괴할 수 있고 불공정거래가 이뤄질 수 있다는 지적이 제기되고 있다.

지난 12일 오전 9시2분께 코스피200 12월물 콜옵션 및 풋옵션에서 한맥투자증권은 시장 가격보다 현저히 낮거나 높은 가격에 매물을 쏟아냈다. 구체적인 결론은 나오지 않았지만 시장업계에선 알고리즘 매매 프로그램에서 오류가 났을 가능성이 크다고 보고 있다.