낮은 세율로 분리과세하던 금융소득(이자소득, 배당소득)을 근로소득, 사업소득 등 다른 종합소득에 합산하여 누진세율을 적용하는 제도. 1996년 시작하였다가 IMF사태로 유보한 뒤 2001년 다시 실시했다. 처음에는 부부의 금융소득을 합산하여 연간 4천만원이 넘는 경우 누진적으로 종합과세했으나, 2002년 헌법재판소의 위헌판결에 따라 개인별 과세로 변경했다. 금융소득 4천만원을 초과한 금액에 한해 원천징수세율(15%)에 종합소득 과세표준 종합세득율을 합계한 세액을 부과한다. 금융소득이 4천만원 이하라면 원천징수세율만 적용한다. 비과세 금융상품, 장기채권 이자, 직장공제회 초과 반환금 등은 금융소득종합과세 대상에서 제외된다.

여야가 세법 개장안에 합의하면서 금융소득종합과세 기준 금액이 2000만원으로 낮아졌다. 이에 따라 과세 대상자가 기존 5만여명에서 20만명으로 늘어난다. 연리 3%로 가정할 때 은행 예금이 6억 7천만원 이상인 사람들에게 적용된다. 세율은 최고 38%를 적용한다. 기준 하락에 따라 세수는 3000억 원 가량 증가할 것으로 예상된다. 하지만 비과세 금융상품이 크게 늘어났기 때문에 실질적으로 부담이 늘어나는 인원은 절반인 10만명에도 이르지 못할 것이란 추측 또한 있다.