2020년, 코로나19 확산에 따른 감염병 전문 대응기관의 필요성이 제기됨에 따라 질병관리청 승격 여부가 논의되기 시작했다. 그리고 2020년 8월 질병관리본부를 질병관리청으로 승격하는 정부조직법 개정안이 국회를 통과하고 후속 조치가 이뤄짐에 따라 16년 8개월여 만에 복지부 소속 기관에서 복지부 소속 중앙 행정기관으로 독립하게 된다. 질병관리청의 초대 청장으로는 정은경 질병관리본부장이 내정됐다.

질본의 청 승격이 고속도로를 타기 시작한 것은 문재인 대통령의 취임 3주년 특별연설부터다. 문 대통령은 "질병관리본부를 질병관리청으로 승격해 전문성과 독립성을 강화하겠다"고 밝혔다. 정 신임 청장은 11일 코로나19 정례브리핑에서 “질병관리청의 첫 번째 미션은 코로나19를 극복하는 데 전력을 다하는 것”이라고 밝혔다. 질병관리청 본청은 감염병 대응 전담기관으로서 감염병 발생 감시부터 조사‧분석, 위기대응‧예방까지 전(全) 주기에 걸쳐 유기적이고 촘촘한 대응망을 구축한다. 국립보건연구원과 5개 질병대응센터(수도권, 충청권, 호남권, 경북권, 경남권), 국립감염병연구소, 국립결핵병원, 국립검역소 등을 소속기관으로 갖추고 있다.