일반계 공립고등학교의 교육역량 제고를 위해 재정지원과 자율성을 강화한 운영 방식이다. 교육부와 지역교육청이 특별교부금을 지급하고, 교육 과정에서 학교가 자율적으로 운영할 수 있는 시간 편성을 늘려 자율성을 높였다. 주변 환경이나 교육여건이 열악한 학교를 중심으로 지자체가 지정한다. 전국 107개교, 서울은 18개교가 운영 중이다.

서울시교육청이 내년 3월부터 자립형 공립고 18개교를 일반고로 전환한다고 28일 밝혔다. 지난해 발표된 교육부의 고교체제 개편의 일환으로, 자공고를 일반고로 일괄 전환하는 경우는 이번이 처음이다. 현재 자공고와 일반고 교육과정이 별 차이가 없다는 이유에서다. 2013년부터 교육부는 일반고 교육역량 강화 및 교육과정 자율성 확대 정책을 추진해왔다. 이에 더해 지난해 11월 자사고·특목고를 모두 일반고로 전환하는 교육부의 고교체제 개편 및 일반고 교육역량 강화 방안이 발표되고, 올해 2월 말 초ㆍ중등교육법시행령이 개정되면서 자공고 관련 규정이 삭제돼 자공고 운영 및 연장의 근거도 사라졌다.