1962년 당시 대통령 박정희의 지시에 따라 안보관련 현안문제를 논의하기 위한 목적하에 설립되었다. 국가적인 돌발사태와 위기사태 발생시에 소집된다. 1998년 새 정부가 들어서면서 외교·국방·통일 정책을 총체적이고 통합적으로 운영하기 위한 정책기구로 재출범하였다. 대통령 자문기관인 동시에 국무회의의 전심기관(前審機關)으로, 국가안전보장에 관련된 대외정책·대북정책·군사정책 및 국내정책 사항은 국무회의 심의에 앞서 될 수 있는 한 이 회의의 자문을 거쳐야 한다. 그러나 대통령이 자문을 거치지 않고 바로 국무회의의 심의에 붙인 경우에도 효력에는 영향이 없다. 따라서 법적인 면에서는 그 존재의의가 별로 없지만 실제로 국가안전보장에 관하여 신중한 검토, 특히 전문적 입장에서의 검토를 할 수 있는 계기를 마련하는 데 의의가 있다.

문 대통령은 일본에 대한 맞대응을 경고하면서 “저도 그렇게 되길 바라지 않는다”며 “대응과 맞대응의 악순환은 양국 모두에 결코 바람직하지 않다”고 말했다. 그러면서 문 대통령은 “외교적 해결을 위해서도 차분하게 노력해 나가겠다”고 말했다. 청와대 관계자는 “한일 양국 간 우호관계가 돌이킬 수 없이 훼손되는 것을 바라지 않는다는 메시지”라며 “외교적 해결을 위해 주일 대사, 국가안전보장회의(NSC), 대통령 차원에서 할 수 있는 모든 일에 대해 실효성 등을 검토할 것”이라고 했다. 이어 문 대통령은 “일본은 경제력에서 우리보다 훨씬 앞서가는 경제 강대국”이라며 “상황의 진전에 따라선 민관이 함께하는 비상 대응체제 구축도 검토해야 한다”고 말했다.