조달금리와 운영·관리비, 마케팅비 등 카드결제에 수반되는 적정원가를 '카드수수료 적격비용'이라 한다. 2012년 여신금융전문법 개정을 통해 마련한 원칙에 따라 3년마다 재산정하고 있다. 수수료 체계 개편 이전은 업종별 단일 수수료율 체계였지만 적격비용 산정에 따라 업종별 카드수수료를 가맹점 중심의 수수료 체계로 개편했다.

카드 수수료율 적격비용 재산정 여파로 수수료율이 높아진 자동차·통신사·마트·항공사 등 대형가맹점 일부가 가맹계약 해지를 거론하는 등 카드사들과 갈등을 빚고 있다. 2019년 3월 3일 카드업계와 금융당국 관계자들의 말을 종합하면, 신한·삼성·현대·국민 등 카드사들은 통신사, 항공사, 주요 대형마트 등 연매출 500억원 이상 대형가맹점의 수수료율을 3월 1일부터 인상했다. 하지만 이들 대형가맹점 대부분은 수수료율 인상 거부 방침을 밝히는 등 이른바 ‘가격 협상’이 시행일까지 마무리되지 않은 것으로 확인됐다.